在羅馬尼亞冰天雪地的喀爾巴阡山脈深處，一座廢棄修道院的地窖里，藏著一個見不得人的秘密實驗室。

    某天，培養艙里的淡黃色營養液泛起漣漪，一個蒼白的身影緩緩睜開雙眼——這就是11號，他作為B系列克隆體量產計劃的初代模板，就這樣“誕生”了。

    博士和技術員根本沒把他當人看，只覺得他是個能隨意擺弄的工具。博士興奮地說他會成為“最完美的藝術品”，可這話背后，是要把他訓練成冷酷無情的殺手。

    11號剛從培養艙出來，就被各種折磨。

    技術員像對待機器一樣，往他身體里植入各種東西，還通過電擊、注射藥物等手段，給他做“認知校準”，就是想把他改造成沒有感情、只知道殺人的怪物。

    在槍械訓練課上，他被迫用陶瓷匕首殺掉被說是“叛徒”的“父親”，其實那只是博士編造的謊言，用來測試和訓練他。

    后來在一次體檢時，11號發現技術員偷偷往他的抑制劑里加奇怪的紅色藥劑，他終于忍無可忍，奮起反抗，不僅干掉了技術員，還把實驗室攪了個天翻地覆。

    逃跑時，他才知道自己的基因竟然是由五個罪犯的DNA拼起來的，地下室里還有幾百個和他長得一模一樣的克隆體，這一切都讓他感到憤怒和絕望。

    逃出實驗室后，11號遇到了ICA組織的戴安娜，從此他的生活變成了不斷接任務、暗殺目標。

    11號一路追查博士，找到了布拉索夫的私人診所。診所里彌漫著詭異的氣息，博士還在拿失敗的克隆體做殘忍的實驗。

    11號和博士的克隆體們展開激烈戰斗，過程中，他得知了一個驚天秘密：自己竟然是博士用自身基因改良的初代原型體，而普羅維登斯組織更是野心勃勃，想要用克隆體替換全球的重要人物，掌控世界。

    之后，11號的任務一個接著一個，在西西里島教堂、維也納國家歌劇院這些地方，他都遭遇了克隆體的襲擊。

    每次戰斗，他都能發現一些新線索，原來這些克隆體和納粹以前搞的“諸神黃昏計劃”有關，而自己基因里的“懺悔基因”，還有和維托里奧家族的聯系，都成了謎團的關鍵。

    在伊斯坦布爾，11號和一個長得跟戴安娜一模一樣的克隆體D-11打得不可開交。這場戰斗讓他知道了自己和戴安娜之間有著驚人的基因淵源。

    接著，他又馬不停蹄地趕到南極，在那里，他看到戴安娜本體懷著孕，胎兒的心跳和他的腦電波竟然是同步的！

    更可怕的是，南極基地還藏著普羅維登斯“人類清除計劃”的原始毒株，一旦泄露，后果不堪設想。

    最終的大決戰在柏林上演。11號和戴安娜的克隆體AD-11-A1展開生死對決。他沖進地堡核心，毀掉了主腦矩陣庫中的胚胎母體，成功阻止了全球克隆體的瘋狂暴動。